Ancien élève de l'École normale supérieure de la rue d'Ulm, Jean-Yves Mérindol est professeur des universités, agrégé de mathématiques et a un doctorat d'Etat de l'Université Paris-Sud.

Professeur de mathématiques à l'Université de Strasbourg-I, président honoraire de l'université Louis-Pasteur à Strasbourg (1997-2002), Jean-Yves Mérindol a présidé la commission recherche de la Conférence des Présidents d'Université (1998-2000). Il est directeur scientifique de l'Ifsttar (Institut français des sciences et technologies des transports, de l'aménagement et des réseaux) depuis février 2012.

Président fondateur de Couperin (Consortium universitaire de documentation électronique) de 1999 à 2003, membre du Comité national d'évaluation des universités (CNE) de 2003 à 2005, il est membre du Comité scientifique et de prospective de l'Observatoire des sciences et techniques (OST) et du Conseil d'administration de l'ENA. Il a été de 2005 à 2008 conseiller de Bertrand Delanoë, maire de Paris, pour l'éducation, l'enseignement supérieur, la recherche et les nouvelles technologies.

Jean-Yves Mérindol est Chevalier de la Légion d'Honneur, de l'Ordre national du mérite et des Palmes académiques.